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推陈出新 | Proteome Discoverer™ 软件3.0版本重磅发布

推陈出新 Proteome Discoverer (PD)是一款针对蛋白质进行高通量定性、定量分析的软件。自2008年发布以来,PD软件不断在更新中进步,受到了广大用户的认可(图1,PD软件Publication概况)。 图1 Proteome Discoverer Publication概况(点击查看大图) 作为一款开拓创新的软件,PD软件目前已重磅推出3.0版本!PD 3.0版本中增加了全新的智能搜索引擎CHIMERYS™,这种全新的CHIMERYS™搜索算法是赛默飞与蛋白质组学人工智能领域...

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TSQ Altis全新三重四极杆全面提升蛋白组学中的定量验证能力

关键词:TSQ Altis,定量验证,蛋白组学 前言 生物标志物的开发过程主要包括三个阶段,即发现、验证和确认。随着研究人员在发现阶段积累了大量数据之后,需要对发现阶段得到的差异表达蛋白进行验证和确认,从而推动生物标志物的开发,这就需要对目标蛋白进行定量实验。一般而言,定量实验包括相对定量和绝对定量两个水平,相对定量可以进一步验证差异蛋白的表达变化,绝对定量可以确认目标蛋白的绝对含量。这两种定量实验都需要在成分复杂的生物样品中完成,要求仪器必须具备高灵敏度高稳定性,以确保低丰度蛋白的检出和准确定...

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全新一代Vanquish Neo UHPLC 液相色谱在nanoLC-MS/MS 蛋白质组学分析中的应用

关键词:Vanquish Neo UHPLC, nanoLC-MS/MS, Orbitrap Exploris 480, FAIMS Pro Duo 引言 蛋白质组学研究是系统式鉴定、定量蛋白质,并全景式研究蛋白质功能的学科。随着学科的进步,对于自下而上(Bottom-up)蛋白质组学的分析深度的需求不断增加。蛋白质组学的分析深度可显著影响人们对于生理、病理过程的理解,以及影响早期诊断的生物标志物的发现等领域,而随着精准医学等应用方向的研究不断深化,则需要更高灵敏度更高分辨率的分析手段。在蛋白质...

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Orbitrap Fusion Lumos实现蛋白质组的快速深度分析

关键词:Orbitrap Fusion Lumos,Easy-nLC 1200,Label free定量/TMT标记定量,快速深度分析 1.前言 近年来,生物质谱技术不断创新,仪器性能也不断完善;从单一质量分析器质谱到双质量分析器的串联质谱,再到2013年赛默飞推出世界上第一款“三合一”质谱Orbitrap Fusion。Orbitrap Fusion集结了四级杆的高选择性和宽动态范围,静电场轨道阱的超高分辨率和超高质量精度,以及线性离子阱的多级质谱分析性能,可以满足从定性到定量,再到结构解析等...

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使用ProSightPD进行 top-down 蛋白质鉴定

关键词:Top-down蛋白质组学,ProSightPD,完整蛋白鉴定,Orbitrap超高分辨质谱 前言 当前,蛋白质组学主要有两类研究策略,即基于分析酶解后多肽的bottom-up(自下而上)蛋白质组学和直接研究完整蛋白的top-down(自上而下)蛋白质组学。由于完整蛋白质的分离和串联质谱解析相对于多肽难度更大,top-down蛋白质组学的进展相对缓慢。随着MabPac RP等分离完整蛋白的高性能色谱柱的出现及Orbitrap超高分辨质谱技术的不断发展,快速批量获取完整蛋白质的高质量串联质...

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对不同规格商品化纳升预柱、分析柱评测

关键词:Orbitrap Fusion Lumos,Q Exactive HF-X,U3000 RSLCnano,纳升液相色谱柱 前言 蛋白质组学是对蛋白质的结构和功能的大规模研究。目前,基于质谱的方法已经被广泛地应用于蛋白质组学中。在目前的蛋白质组学分析策略中,主要采用纳升级液相色谱,为蛋白质组学研究用户提供更高的灵敏度,而且可以更轻松地与质谱连接, 同时还大幅降低了样品和溶剂的消耗量。这不但补偿了延长的操作时间,还降低了操作成本。为了获得高质量的原始数据,不仅需要超高分辨、超高灵敏度、超高质...

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Orbitrap Exploris平台FAIMS-DIA蛋白质组学快速定量分析

关键词:Orbitrap Exploris 480,FAIMS Pro,DIA,定量蛋白质组学 前言 数据非依赖性采集(Data-Independent Acquisition,DIA)是当前蛋白质组学中应用范围较广的定量方式。DIA扫描模式中,超高分辨质谱将一级质谱的质荷比范围分为若干窗口,快速地对特定质量范围内所有母离子进行碎裂并采集碎片离子。相比于传统的DDA方法,DIA定量有更好的重现性及准确性,DIA也更加适用于大队列定量蛋白质组学研究[1]。 作为应用于大队列的定量蛋白质组学研究策略...

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