推陈出新
Proteome Discoverer (PD）是一款针对蛋白质进行高通量定性、定量分析的软件。自2008年发布以来，PD软件不断在更新中进步，受到了广大用户的认可（图1，PD软件Publication概况）。
作为一款开拓创新的软件，PD软件目前已重磅推出3.0版本！PD 3.0版本中增加了全新的智能搜索引擎CHIMERYS™，这种全新的CHIMERYS™搜索算法是赛默飞与蛋白质组学人工智能领域的领导者MSAID™合作的全新一代为解析混合谱而设计的人工智能算法，这种革命性的算法可以大大提升DDA数据中被识别的PSMs数，从而实现在鉴定性能上的巨大飞跃。就让大家随小编一起来揭开更新内容的神秘面纱吧！
1. 增加CHIMERYS鉴定节点（连接CHIMERYS云服务）
新的CHIMERYS智能搜索算法利用人工智能，通过深度学习结合强大的去卷积算法，提供准确的肽段谱图和保留时间预测，克服了混合肽段MS2图谱匹配的挑战。这种革命性的方法可以对数据进行更深入的挖掘，并大大增加了数据依赖性采集方法DDA中的PSM数量。与之前的策略相比，CHIMERYS在每个原始RAW文件中发现更多的PSM，显著提高了鉴定率。与其他搜库方法相比，这种方法在传统的蛋白质组数据集中可鉴定和定量的特异性多肽和蛋白质的数量有了实质性提高！
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CHIMERYS智能搜索算法部署在云端，发送精简数据和 FASTA 文件到云端，Percolator 也在云端运行，最终结果带回 PD。CHIMERYS 搜索引擎目前可支持工作流程包括肽段和蛋白的鉴定、非标记定量（LFQ）、TMT标记定量，不仅改善了鉴定蛋白质的数量，还可提高定量蛋白质的数量。
2. INFERYS 2.0 Rescoring 节点
INFERYS Rescoring节点是PD2.5版本中新增，该节点也是与MSAID™共同合作开发。它可以读取Sequest HT搜索引擎中的所有正库和反库的肽段ID，预测每个肽段序列的谱图，比较理论和实际谱图，并计算额外的feature特征输入到percolator节点中。在给定的FDR阈值下，包含该节点的工作流程会产生更多的肽段鉴定，并且可显著提高置信度。而在PD 3.0版本中更新的INFERYS 2.0 Rescoring 节点，改进了Recoring工作流程的性能，也增加了对TMT、TMTpro和CID MS/MS数据的支持。除此之外，该节点也提升了对免疫多肽组学分析的性能。
3. 新增采用镜像图的预测谱图形式
对于受支持的PSMs， INFERYS 2.0预测谱图显示在镜像图的下方；而对于CHIMERYS结果，可以同时显示来自同一张MS/MS谱图的多个PSMs（如图3、图6所示）。
4. Comet搜索引擎
新添加的搜索引擎节点Comet，专门用于更好地支持来自Orbitrap Eclipse质谱仪的TMT SPS MS3实时检索工作流程的分析。
Proteome Discoverer 软件将蛋白质组学质谱数据转化为洞察力，使人工智能授权的全面蛋白质组学数据处理工作流程成为可能！PD软件具有强大而灵活的框架，可以对 Thermo Scientific™ Orbitrap™ 质谱仪采集方法生成的复杂数据进行优化分析。也可通过 INFERYS™ Rescoring 和 CHIMERYS™ 智能搜索算法，使用人工智能更深入地挖掘Orbitrap数据。并且还可串联或并联匹配多个搜索引擎同时搜索，以通过专用工作流程最大限度地提高分析性能。除此之外，PD软件还有强大而灵活的结果阐释和可视化。结果以分层方式呈现，蛋白质、多肽、肽段谱图匹配 (PSM) 和定量表之间具有动态链接，也可使用交互式数据图对结果进行分析：通过火山图查找哪些蛋白质或多肽上调或下调，哪些样品通过 PCA 图相关，或使用热图可视化文件中的丰度模式等等。Proteome Discoverer 软件不仅仅是一个搜索引擎，其多功能性以及可扩展的框架节点也为功能蛋白质组学和结构生物学提供新工具！
欲穷千里目，更上一层楼！赛默飞始终致力以更加优异的表现服务于广大用户，为科学服务的脚步从未停歇！Proteome Discoverer 3.0软件的推出，其新的特性尤其是与CHIMERYS™ 智能搜索算法的强强联合，使得基于Orbitrap DDA的蛋白质组学数据的鉴定深度拥有了质的飞跃。我们相信全新的 Proteome Discoverer 3.0软件会为大家带来惊喜体验！
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Thermo Fisher Scientific
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